MDS analysis based on genetic dista

MDS analysis based on genetic distances [70] was performed for the NRY and mtDNA datasets (Tables C, K, N in S1 File). PCA was performed for the autosomal dataset using the smartpca program of the EIGENSOFT package [71]; sets of Illumina-Affymetrix cross-platform SNPs (around 57k of LD-pruned SNPs), encompassing available Balto-Slavic populations, were used. Genomic ancestry components in Balto-Slavic speakers in the context of worldwide populations were inferred with ADMIXTURE [51]; sets of only Illumina cross-platform SNPs (around 200k shared LD-pruned SNPs between the 610K, 650K and 660K arrays) were used (Table M in S1 File). See S1 Text: Methods for choosing the value of K which best models the ancestry components in our dataset.
Analysis of pairwise segments IBD

We aimed to compare the level of IBD relatedness between the combined group of East-West Slavs (group1) vs South Slavs (group2) (i.e. IBD relatedness within Slavs) to the IBD relatedness between each group of Slavs vs their respective neighboring groups of mostly non-Slavic populaitons (Table F in S1 File lists populations in each group, S3 Fig shows schematically the geographic location of each population groups). To this end we: a) calculated an average number of IBD segments per pair of individuals (ibd-statistic) between the group of East-West Slavs (group1) and South Slavs (group2), i.e. within-Slavic IBD sharing, and between each Slavic group and their respective geographic neighbors; b) compared the within-Slavs ibd-statistic with the ibd-statistics for each Slavic group and groups 3–9. The fast IBD (fIBD) algorithm [53] implemented in BEAGLE (http://faculty.washington.edu/browning/b​eagle/beagle.html) was used to detect pairwise IBD segments. Sets of Illumina-only cross-platform SNPs (around 500k shared SNPs between the 610K, 650K and 660K arrays) were used in the analysis. See S1 Text: Methods for detailed information about the experimental design and statistical approach applied.

Wyniki (polski) 1:

MDS analizy opartej na odległości genetycznej [70] została wykonana dla NRY i mtDNA zestawów danych (tabele C, K, N w pliku S1). PCA wykonano autosomalny zestawu danych za pomocą programu smartpca z pakietu EIGENSOFT [71]; zestawy Illumina-Affymetrix przekreślać platforma SNP (około 57k LD-przycina SNP), obejmującej dostępne bałtosłowiańskie ludności, były używane. Części genomu przodków bałtosłowiańskie głośniki w kontekście ludności na całym świecie było wywnioskować z DOMIESZKĄ [51]; były używane zestawy tylko Illumina przekreślać platforma SNP (około 200k wspólne LD-przycina SNP między tablicami 610K, 650K i 660K) (tabela M w pliku S1). Zobacz tekst S1: Metody wyboru wartość K, które najlepsze modele składniki przodków naszych danych.Analizy segmentów parowania IBDMamy na celu porównania poziomu IBD pokrewieństwo między połączone grupy Słowian wschód-zachód (Grupa1) vs Słowianie południowi (group2) (czyli IBD pokrewieństwo w Słowian) do IBD pokrewieństwo między każdej grupy Słowian vs ich odpowiednich grup sąsiednich głównie słowiański populaitons (F tabeli w pliku S1 wykazy ludności w każdej grupie, rys. S3 przedstawiono schematycznie geograficzna lokalizacja poszczególnych grup ludności). W tym celu możemy:) obliczona średnia liczba segmentów IBD na parę osób (ibd statystyka) między grupy Słowian wschód-zachód (Grupa1) i Słowianie południowi (group2), czyli w słowiańskich IBD dzielenie i między każdej grupy Słowian i ich odpowiednich geograficznych sąsiadów; b) w porównaniu w Słowian ibd Statystyka z ibd statystyki dla każdej grupy Słowian i grup 3-9. Szybki algorytm IBD (fIBD) [53] realizowane w BEAGLE (http://faculty.washington.edu/browning/b eagle/beagle.html) była używana do wykrywania parowania IBD segmentów. Zestawy tylko Illumina przekreślać platforma SNP (około 500k wspólne SNP między tablicami 610K, 650K i 660K) były używane w analizie. Zobacz tekst S1: Metody szczegółowe informacje dotyczące projektu doświadczalnego i statystyczne podejście stosowane.

Wyniki (polski) 2:

Analiza opiera się na dystansach MDS genetycznych [70] przeprowadzono dla NRY i mtDNA zbiorów danych (tabele C, K, N, w S1 File). PCA przeprowadzono na zbiorze autosomalny pomocą smartpca programu pakietu EIGENSOFT [71]; zestawy Illumina-Affymetrix wieloplatformowych SNP (około 57k z LD-przycinane SNP), obejmujący dostępnych populacji bałtosłowiańskich, zostały wykorzystane. Genomu elementy przodków w głośnikach bałtosłowiańskich w kontekście światowych populacjach były wnioskować z domieszką [51]; zestawy tylko Illumina wieloplatformowych SNP (SNP udostępnionych około 200k LD-przycinane pomiędzy 610K, 650K i 660K tablic) zostały wykorzystane (tabela M w S1 File). Zobacz S1. Tekst: Metody wyboru wartości K, który najlepsze modele komponentów przodków w naszym zbiorze danych
Analiza segmentów parami IBD Naszym celem było porównanie poziomu IBD pokrewieństwa między połączonej grupy Wschód-Zachód Słowian (Grupa 1) vs Południowych Słowian (grupa2) (tj IBD powiązanie ciągu Słowian) do pokrewieństwa IBD między każdej grupy Słowian vs odpowiednich grup sąsiadujących z populaitons większości nie-słowiańskich (Tabela F w S1 Plik zawiera listę ludności w każdej grupie, S3 Rysunek przedstawia schematycznie położenie geograficzne każdy grupy ludności). W tym celu: a) obliczyć średnią liczbę segmentów IBD na parę osób (IBD-statystycznych) pomiędzy grupą Wschód-Zachód Słowian (Grupa 1) i Słowian południowych (grupa2), czyli w terminie-słowiańskiego IBD udostępnianie oraz między każda grupa słowiańska oraz ich sąsiedzi geograficzne; b) w stosunku do w-Słowian IBD statystyki z IBD statystyk dla każdej grupy i grup 3-9 słowiańskiej. Szybko IBD (fIBD) algorytm [53] realizowane Beagle (http://faculty.washington.edu/browning/b~~HEAD=pobj Eagle / beagle.html) został użyty do wykrycia parach segmentów IBD. Zestawy SNP tylko Illumina wieloplatformowych (około 500k wspólnych SNP pomiędzy 610K, 650K i 660K tablic) zostały wykorzystane w analizie. Zobacz S1 Tekst: Metody szczegółowe informacje na temat projektu eksperymentalnego i metody statystycznej stosowanej.

Wyniki (polski) 3:

mds analizy na podstawie odległości genetycznych [70] przeprowadzono na nry i mtdna zbiory danych (tabele c k n w s1 akta).umowa o partnerstwie i współpracy została przeprowadzona dla autosomalne zbioru danych przy użyciu smartpca programu eigensoft pakiet [71]; zestawy iluminatów affymetrix przez platformę snps (około 57k dekretu przycinaliśmy snps), obejmujące dostępne balto słowiańskie populacji, zostały wykorzystane.elementy genetyczne... w balto słowiańskie mówców w kontekście światowej populacji było wywnioskować z domieszki [51]; zestawy tylko iluminaci przez platformę snps (około 200 wspólne dokumenty przycinaliśmy snps między 610k, 650k i 660k ogniskowej) wykorzystano (tabela m s1 akta).widzisz s1 tekst: metody wyboru wartość k, które najlepiej modeli rodowodu komponentów w zbiorze danych.
analiza leczenia skojarzonego segmentów ibd

- mające na celu porównanie poziomu ibd pokrewieństwo między połączonej grupy zachodniej słowian (group1) w porównaniu do południowej słowian (group2) (tj. ibd pokrewieństwo w słowian) na ibd pokrewieństwo między każdej grupy słowianami i ich sąsiednie grup głównie spoza słowiańskie populaitons (tabela f w s1 akta wykazy grup pacjentów w każdej grupie,s3 fig pokazuje schematycznie położenie geograficzne każdego grup ludności).w związku z tym, że: a) obliczona średnia liczba dni segmenty na parę osób (ibd statystyki) między grupą słowianie wschód - zachód (group1) i południowej słowian (group2), tj. w ciągu słowiańskie ibd dzielenie się, i między każdym innym słowiańskim grupy i ich geograficznymi sąsiadami;b) porównywano w słowian ibd statystyki z bazą danych statystycznych dla każdej grupy słowiańskie i grup 3 – 9.szybko ibd (fibd) algorytm [53] wdrożone w beagle (http: / / wydział. washington. edu / browning / b ​ orzeł / beagle. html) został wykorzystany w celu wykrycia leczenia skojarzonego ibd segmentów.zestawy iluminaci tylko przez platformę snps (około 500 snps dzielone między 610k,650k i 660k ogniskowej) były wykorzystywane w analizie.widzisz s1 tekst: metody szczegółowe informacje na temat schematu doświadczenia i statystyczne podejście stosowane.